Στις αρχές του 20ου αι. ο Παύλος προχωρεί σε εκτεταμένες επισκευές του οικογενειακού αρχοντικού με απόλυτο σεβασμό στην ιστορία και στον αρχιτεκτονικό χαρακτήρα του. Οι εφημερίδες της εποχής μιλούν με θαυμασμό για τον "πύργο" του. Το 1935 ενταφιάζεται στην πλαγιά του υψώματος ανάμεσα στο αρχοντικό και στη θάλασσα. Το 1991 αγοράστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού προκειμένου να μετατραπεί σε μουσείο. Το αρχοντικό Παύλου Κουντουριώτη βρίσκεται στα δυτικά του λιμανιού της Ύδρας, στην πλαγιά χαμηλού υψώματος που φέρει στην κορυφή του μικρό οχυρό. Πρόκειται για διατηρητέο ιστορικό κτήριο που αγοράστηκε το 1991 από το Υπουργείο Πολιτισμού, προκειμένου να μετατραπεί σε μουσείο της οικογένειας των Κουντουριωτών και της βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης και ιστορίας της Ύδρας. Oι κληρονόμοι του ναυάρχου και προέδρου της δημοκρατίας Π. Κουντουριώτη δώρισαν στο κράτος τα κινητά αντικείμενα του αρχοντικού. Το αρχοντικό αποτελείται από τον κύριο κτηριακό όγκο, βοηθητικά κτίσματα, αυλές και κήπο που περιβάλλεται από ψηλό μανδρότοιχο. Η επίσημη είσοδος στον περιτοιχισμένο χώρο βρίσκεται στη νοτιοανατολική όψη, στο ψηλότερο σημείο του συγκροτήματος και είναι διακοσμημένη με μαρμάρινο πλαίσιο. Μια άλλη είσοδος βρίσκεται στη βορειοδυτική όψη του κτηριακού συγκροτήματος. Ο κύριος όγκος του κτηρίου, αναπτύσσεται σε τρία επίπεδα, προσαρμοσμένα στην έντονη κλίση του εδάφους. Το πρώτο επίπεδο περιλαμβάνει πέντε μεγάλους αποθηκευτικούς χώρους. Το δεύτερο επίπεδο είναι ισόγειο προς τα νοτιοδυτικά. Περιλαμβάνει δύο χώρους υποδοχής, μία τραπεζαρία, το γραφείο του Ναυάρχου, το υπνοδωμάτιό του και άλλα τρία υπνοδωμάτια. Οι οροφές είναι ξύλινες με γεωμετρική διακόσμηση. Τα δάπεδα στους περισσότερους καλύπτονται με μεγάλες ασπρόμαυρες μαρμαρόπλακες, ενώ το υπνοδωμάτιο του Ναυάρχου, η τραπεζαρία και το γειτονικό υπνοδωμάτιο έχουν πήλινα πλακίδια. Στο τρίτο επίπεδο του κεντρικού κτηρίου που περιλαμβάνει χώρους υποδοχής και ύπνου οδηγεί μια μεγαλοπρεπής σκάλα. Τα δάπεδα του ορόφου καλύπτονται με ασπρόμαυρες μαρμαρόπλακες και οι οροφές είναι παρόμοιες με αυτές του δεύτερου επιπέδου. Το κτηριολογικό πρόγραμμα του συγκροτήματος ολοκληρώνεται με το μεγάλο διαμορφωμένο σε πέντε επιπεδα κήπο. Η έξοδος προς αυτόν γίνεται από την κουζίνα, από την πόρτα της οποίας ξεκινά ένας λιθόστρωτος διάδρομος.