Το κτίριο σχεδιάστηκε από τον αρχιτέκτονα Stuart M. Shaw του Μητροπολιτικού Μουσείου Τέχνης της Νέας Υόρκης και οικοδομήθηκε με πρωτοβουλία της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών (1939 – 1955). Το μουσείο πρωτοάνοιξε για το κοινό το 1955. Η βόρεια πτέρυγα προστέθηκε το 1960 – 61. Το μουσείο ανακαινίστηκε κατά τα έτη 2014-2015. Η νέα, ανακαινισμένη μόνιμη έκθεσή του εγκαινιάστηκε στις 6 Ιουλίου 2024 και περιλαμβάνει πέντε αίθουσες και τμήμα της κεντρικής αυλής. Περιλαμβάνει τις εξής αίθουσες: 
Α’ Αίθουσα: Η αρχιτεκτονική του Ιερού των Μεγάλων Θεών
– Β’ Αίθουσα: Αρχαία πόλη, Νεκροπόλεις
– Γ’ Αίθουσα: Η είσοδος στο Ιερό
– Δ’ Αίθουσα: Μύηση και Αναθήματα
– Ε’ Αίθουσα: Η πολιτιστική τροχιά του νησιού
– Αίθριο: Επιγραφική μαρτυρία 

http://odysseus.culture.gr https://nike-of-samothrace.gr/museum-of-samothrace?lang=el_GR
https://archaeologicalmuseums.gr/el/museum/5f9a8bfcea859c0cce3e9ce2/archaeological-museum-of-samothraki

http://www.samothraki-tourism.gr/index.cfm?AreaId=1
https://samothraki.gr
/https://www.visitgreece.gr/el/islands/north-aegean-islands//
https://www.discovergreece.com/