Το 1963 έγιναν προσθήκες αποθηκευτικών χώρων, ενώ το 1995 ολοκληρώθηκε η νέα διευθέτηση γλυπτών στην περίστυλη εξωτερική στοά του μουσείου και η ανέγερση φυλακίων. Από το 2002 έως το 2004 έγινε πλήρης ανακαίνιση του μουσείου και επανέκθεση. Στο πλαίσιο των απαιτούμενων εργασιών για την επανέκθεση του Μουσείου του Κεραμεικού, άρχισαν το 2002, παράλληλα εργασίες επισκευής, ανακαίνισης και αναδιαμόρφωσης των εκθεσιακών χώρων του παλαιού μουσείου, και του περιβάλλοντος χώρου. Οι εργασίες αφορούσαν στη στεγανοποίηση της στέγης, τοποθέτηση ψευδοροφής, επιχρίσματα, βαφές, αντικατάσταση του παλαιού δαπέδου. Εγκαταστάθηκε σύστημα κλιματισμού, φωτισμού και κλειστό κύκλωμα παρακολούθησης των χώρων του μουσείου. Η επιτακτική ανάγκη προστασίας μεγάλων και σημαντικών έργων γλυπτικής, τα οποία βρίσκονταν έως τότε στον αρχαιολογικό χώρο, καθώς και η επιθυμία να εκτεθούν περισσότερα έργα στο μουσείο, οδήγησε στην ανάπλαση της παλαιάς εσωτερικής αυλής η οποία στεγάστηκε με σύγχρονη γυάλινη τετράριχτη στέγη. Με τον τρόπο αυτό το μουσείο απέκτησε έναν ακόμη εκθεσιακό χώρο. Για τις ανάγκες της νέας έκθεσης τοποθετήθηκαν καινούριες προθήκες, και διαμορφώθηκαν κατάλληλα οι εσωτερικοί χώροι. Οι εργασίες ολοκληρώθηκαν το καλοκαίρι του 2004. Στις 9 Αυγούστου 2004, μετά από τις εργασίες επισκευής και αναδιαμόρφωσης των εκθεσιακών χώρων, εγκαινιάστηκε η νέα μόνιμη έκθεση. Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Κεραμεικού στεγάζει εκθέματα, σχεδόν αποκλειστικά ταφικού χαρακτήρα, που προέρχονται από τις ανασκαφές του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στον αρχαιολογικό χώρο του Κεραμεικού, εκτάσεως 38.500 τ.μ. Το μουσείο βρίσκεται μέσα στον ομώνυμο αρχαιολογικό χώρο και η πρόσβασή του γίνεται από στον πεζόδρομο της οδού Ερμού (Ερμού 148), πλησίον της οδού Πειραιώς. Πρόκειται για ένα λιτό ισόγειο τετράγωνο κτήριο, η πρόσοψη του οποίου πλαισιώνεται από στεγασμένη εξωτερική στοά, σχήματος Γ. Εσωτερικά υπάρχουν τέσσερις εκθεσιακοί χώροι που περιβάλλουν το στεγασμένο αίθριο, διαμορφωμένο με ελιές και δάφνες ως μικρός εσωτερικός κήπος. Στον πρώτο χώρο και το αίθριο φιλοξενούνται τα έργα της γλυπτικής, που καλύπτουν όλες τις εποχές της αρχαιότητας, ενώ στις υπόλοιπες τρεις αίθουσες εκτίθεται κεραμική και άλλα ευρήματα που προέρχονται κυρίως, από την νεκρόπολη του Κεραμεικού. Πίσω από τους εκθεσιακούς χώρους βρίσκονται αποθηκευτικοί χώροι και το εργαστήριο συντήρησης. Εκδοτήριο και πωλητήριο συναντά κανείς στην είσοδο του αρχαιολογικού χώρου στην οδό Ερμού.