Κατάλοιπο από τη μεσαιωνική οικιστική χρήση του χώρου αποτελεί η δεξαμενή με κόκκινο υδραυλικό κονίαμα, σκαμμένη στο σηκό του ναού του Απόλλωνα. Ανάλογες δεξαμενές διασώθηκαν και σε άλλα σημεία της ακρόπολης. Ο αρχαιολογικός χώρος της Κολώνας βρίσκεται στη βορειοδυτική πλευρά του νησιού, κοντά στο λιμάνι και τη σύγχρονη πόλη της Αίγινας. Ο λόφος ονομάστηκε Κολώνα (ιταλικά Colonna) από τους Βενετσιάνους ναυτικούς που είχαν ως σημάδι προσανατολισμού τους τις κολώνες του ναού του Απόλλωνος που δεσπόζει σ' αυτόν. Η Κολώνα της Αίγινας είναι γνωστή για τον προϊστορικό οικισμό της, έναν από τους πιο σημαντικούς εκείνης της περιόδου καθώς και για το ναό του Απόλλωνα του 6ου αι. π.Χ. Η προϊστορική πόλη άκμασε κατά την εποχή του χαλκού (2500-2600 π.Χ) Το ιερό γνώρισε τη μεγάλη ακμή του κατά τα τέλη του 6ου με αρχές του 5ου αιώνα π.Χ. Tα πρώτα οικιστικά κατάλοιπα στο λόφο της Κολώνας ανάγονται στη Νεότερη Νεολιθική Εποχή. Έκτοτε διαδοχικοί προϊστορικοί οικισμοί (Ι-ΧΙ) κάλυψαν το χώρο. Κατά τη διάρκεια του 12ου αιώνα π.Χ., έπαψε να υπάρχει αστική ζωή. Από το 10ο αιώνα π.Χ. ο λόφος ξαναχρησιμοποιήθηκε ως χώρος κατοίκησης, ενώ τα πρώτα δείγματα λατρείας ανάγονται στον 8ο αιώνα π.Χ., χωρίς ωστόσο να παρατηρείται η έντονη αναθηματική δραστηριότητα και άλλων ιερών. Κατά τον 7ο αι. π.Χ., ο λόφος μετατρέπεται σε ιερό, σε τόπο των θεών, γίνεται η ακρόπολη της πόλης, που μεταφέρεται κοντά στο λιμάνι. Στις αρχές του 6ου αι. π.Χ. ανεγείρονται τα πρώτα οικοδομήματα για χρήση λατρείας. Ακολουθεί η περίοδος άκμής του ιερού. Μια τελευταία άνθιση σημειώθηκε κατά την ελληνιστική εποχή υπό την ηγεσία των βασιλέων της Περγάμου. Κατά τον 3ο αιώνα μ.Χ., εξαιτίας των βαρβαρικών επιδρομών οικοδομήθηκε νέα οχύρωση με το υλικό των κτηρίων του ιερού. Μετά την επικράτηση του χριστιανισμού όσα οικοδομήματα είχαν διασωθεί χρησιμοποιήθηκαν για άλλες χρήσεις και ο χώρος μετατράπηκε και πάλι σε τόπο κατοίκησης έως το τέλος της πρώτης χιλιετίας, οπότε, εξαιτίας φόβου επιδρομών από τη θάλασσα, ο οικισμός μεταφέρθηκε στο εσωτερικό του νησιού (στην Παλαιοχώρα). Οι πρώτες ανασκαφές στο χώρο έγιναν από τους Furtwaengler και Lolling. Από το 1921 έως το 1954 τη συστηματική ανασκαφή στην προϊστορική πόλη και το ναό ξεκίνησε ο G. Welter. Τις ανασκαφές συνέχισε από το 1966 ως το 1992 η Βαυαρική Ακαδημία με τον καθηγητή H. Walter που ανέσκαψε την προϊστορική πόλη και το ελληνορωμαϊκό τείχος. Από το 1994 τις ανασκαφές συνέχισε ο F. Felten για λογαριασμό της Αυστριακής Αρχαιολογικής Σχολής.