Η λατρεία του κυρίως θεραπευτή θεού, του Ασκληπιού, που η μυθική παράδοση τον παρουσιάζει ως αυτόχθονα γιο του Απόλλωνα και της εγγονής του βασιλιά της Επιδαύρου Μάλου, της Κορωνίδας, καθιερώθηκε κατά τον 6ο αι. π.Χ. Η λατρεία του θεού προστάτη της ανθρώπινης υγείας και της προσωπικής ευτυχίας απέκτησε φήμη που εξαπλώθηκε ραγδαία. Ο αριθμός των προσκυνητών ολοένα αυξανόταν και το ιερό στο Κυνόρτιο δε επαρκούσε πλέον για τις ανάγκες της λατρείας, έτσι, άρχισε η ανάπτυξη ιερού και στην πεδινή περιοχή, περίπου 1 χλμ. στα νοτιοδυτικά του Κυνορτίου, στον τόπο όπου κατά το μύθο γεννήθηκε ο Ασκληπιός. Τα δύο ιερά, αφιερωμένα το ένα στον Απόλλωνα Μαλεάτα και το άλλο στον Ασκληπιό, εξελίχθηκαν παράλληλα, με την επίσημη ονομασία «ιερόν Απόλλωνος Μαλέατα και Ασκλαπιού». Το νέο ιερό στην κοιλάδα οργανώθηκε γύρω από το Ιερό Φρέαρ (που αργότερα ενσωματώθηκε στη στοά του Αβάτου) και στο χώρο του κτηρίου Ε, όπου υπήρχε ο πρώτος βωμός τέφρας και ο χώρος των τελετουργικών γευμάτων. Το φρέαρ ήταν βασικό στοιχείο της ίασης, που επιτυγχανόταν με τη διαδικασία της κάθαρσης και της «εγκοίμησης» κοντά στο νερό, ως μίμηση του τρόπου με τον οποίο οι θεϊκές δυνάμεις εξασφάλιζαν την ανανέωσή τους, επιστρέφοντας με τον περιοδικό θάνατο μέσα στη γη, στην πηγή της ζωής, από την οποία επανέρχονταν αναγεννημένοι. Ο θεός συμβούλευε τον ασθενή κατά την εγκοίμηση, δηλαδή τον ύπνο που αντιστοιχούσε στον περιοδικό θάνατο, σχετικά με τη θεραπεία που έπρεπε να ακολουθήσει. Κατά τον 4ο και τον 3ο αι. π.Χ. οι γενικευμένες πολεμικές συρράξεις οδήγησαν τους ανθρώπους να αναζητήσουν ακόμη περισσότερο την προστασία και τη βοήθεια του Ασκληπιού και το ιερό του φιλάνθρωπου θεού έγινε από τα πλουσιότερα της εποχής. Τότε πραγματοποιήθηκαν μεγάλα έργα ανοικοδόμησης τόσο στο ορεινό όσο και στο πεδινό ιερό και οικοδομήθηκαν τα σημαντικότερα μνημεία: στο πεδινό ιερό ο ναός του Ασκληπιού, το Άβατον, η θόλος και το θέατρο, το εστιατόριο, το ξενοδοχείο και το στάδιο, ενώ στο ορεινό ιερό ο κλασικός ναός και ο βωμός του Απόλλωνα, η μεγάλη στοά, η κατοικία των ιερέων και το τέμενος των Μουσών. Μετά την περίοδο των μεγάλων καταστροφών που προκάλεσαν ο Σύλλας και οι Κίλικες πειρατές τον 1ο αι. π.Χ., το Ασκληπιείο γνώρισε νέα άνθηση στους αυτοκρατορικούς χρόνους, ιδίως στο β΄ μισό του 2ου αι. μ.Χ., οπότε ο Ρωμαίος συγκλητικός Αντωνίνος χρηματοδότησε την οικοδόμηση νέων κτηρίων και την ανανέωση παλαιών. Τότε επισκέφθηκε το ιερό ο περιηγητής Παυσανίας, που το περιέγραψε με λεπτομέρεια και θαύμασε τα μνημεία του (2.26 κ.εξ.). Κατά τους δύο επόμενους αιώνες ο χώρος υπέστη και άλλες καταστροφικές εισβολές, με κυριότερη αυτή των Γότθων, το 267 μ.Χ. Το πεδινό ιερό αναδιοργανώθηκε άλλη μία φορά στα μέσα του 4ου αι. μ.Χ., όποτε ο κεντρικός του χώρος διαμορφώθηκε σύμφωνα με τα ρωμαϊκά πρότυπα σε μία περιμετρική στοά, στην οποία εντάχθηκαν τμήματα παλαιοτέρων κτηρίων. Η λατρεία συνεχίσθηκε ακόμη και μετά την επίσημη απαγόρευση της αρχαίας θρησκείας το 426 μ.Χ., αντίθετα από ό,τι συνέβη σε άλλα ιερά, έως την οριστική εγκατάλειψη του χώρου, μετά τους καταστροφικούς σεισμούς του 522 και του 551 μ.Χ. Οι πρώτες έρευνες στο Ασκληπιείο της Επιδαύρου έγιναν από τη Γαλλική Επιστημονική Αποστολή της Πελοποννήσου το 1829. Συστηματικές ανασκαφές πραγματοποίησε ο Π. Καββαδίας, υπό την αιγίδα της εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας το 1870-1926, αποκαλύπτοντας τα σημαντικότερα μνημεία του ιερού. Περιορισμένες ανασκαφές διενήργησε η Γαλλική Σχολή Αθηνών με τον G. Roux το 1942-1943 γύρω από το Άβατον και τα κτήρια Ε και Η, καθώς και η Αρχαιολογική Υπηρεσία με τον Ι. Παπαδημητρίου το 1948-1951. Τα έτη 1954-1963 πραγματοποιήθηκαν οι πρώτες εργασίες αναστήλωσης του θεάτρου από τον Α. Ορλάνδο. Από το 1974 τις ανασκαφές ανέλαβε και πάλι η Αρχαιολογική Εταιρεία υπό τη διεύθυνση του Καθηγ. Β. Λαμπρινουδάκη στο ιερό του Απόλλωνα Μαλεάτα, ενώ βρίσκονται σε εξέλιξη έργα συντήρησης και ανάδειξης των μνημείων και των δύο ιερών από τη διεπιστημονική ομάδα που συγκροτήθηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού το 1984 με την τότε ονομασία Ομάδα Εργασίας για τη Συντήρηση των Μνημείων της Επιδαύρου, σήμερα Επιτροπή για την Συντήρηση των Μνημείων της Επιδαύρου. Τα έργα που πραγματοποιούνται στο Ασκληπιείο έχουν αλλάξει ριζικά τη φυσιογνωμία του αρχαιολογικού χώρου, ενώ οι πρόσφατες ανασκαφικές έρευνες έφεραν στο φως στοιχεία σχετικά με τη γενική οργάνωση του χώρου, καθώς και τη χρονολόγηση, τη χρήση και τη λειτουργία πολλών κτηρίων. Το Ασκληπιείο της Επιδαύρου περιλαμβάνει δύο ιερά, στα οποία λατρεύονταν μαζί δύο θεραπευτές θεοί: ο Απόλλωνας Μαλεάτας στο παλαιότερο, στο λόφο Κυνόρτιον, και ο Ασκληπιός στο νεότερο πεδινό ιερό, όπου πραγματοποιούνταν οι περίφημες τελετουργίες της ίασης. Το πεδινό ιερό είναι το μεγαλύτερο και ευρύτερα γνωστό. Η σημερινή είσοδος του αρχαιολογικού χώρου βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του ιερού και δεν αντιστοιχεί στην αρχαία, που βρισκόταν στη βόρεια. Ακολουθώντας την ιερά οδό, που ξεκινούσε από την παραθαλάσσια πόλη της Επιδαύρου, οι προσκυνητές εισέρχονταν στο ιερό από τα Προπύλαια, τη μνημειώδη είσοδο δωρικού ρυθμού, του 3ου αι. π.Χ. Μέσα στο ιερό ακολουθούσαν την Ιερά οδό έως το κέντρο του, όπου βρισκόταν ο δωρικός ναός του Ασκληπιού, του οποίου είναι σήμερα ορατή μόνο η θεμελίωση. Γύρω από το ναό είχαν οικοδομηθεί τα υπόλοιπα κτίσματα που συνδέονταν με τη λατρεία του θεού και την τελετουργία της ίασης: το Άβατο, όπου γινόταν η εγκοίμηση των ασθενών, η θόλος ή θυμέλη, ένα κυκλικό περίστυλο οικοδόμημα, όπου στεγαζόταν η μυστηριακή χθόνια λατρεία του Ασκληπιού, και το τελετουργικό εστιατόριο, όπου γίνονταν τα τελετουργικά γεύματα των ασθενών. Γύρω από το τέμενος του Ασκληπιού υπήρχαν οικοδομήματα για την εξυπηρέτηση των ασθενών και των προσκυνητών, καθώς και κατασκευές για τις ανάγκες των Ασκληπιείων, των αγώνων που καθιερώθηκαν τον 4ο αι. π.Χ. και απέκτησαν πανελλήνιο χαρακτήρα. Σώζονται κατάλοιπα λουτρικών εγκαταστάσεων, ενός μεγάλου ξενοδοχείου, του Καταγωγίου, που είχε 160 δωμάτια για τη διαμονή των ασθενών και των συνοδών τους, η παλαίστρα, το γυμνάσιο, το ωδείο, το στάδιο και το θέατρο, το τελειότερο παράδειγμα ελληνικού θεάτρου, μοναδικό για την αξιοθαύμαστη προσαρμογή του στο χώρο, την τελειότητα των αναλογιών του και της ακουστικής του. Σώζονται, επίσης, κατάλοιπα πολλών μικρών ναών αφιερωμένων στον Απόλλωνα, στην Αρτέμιδα, στην Αφροδίτη και σε δευτερεύουσες λατρείες συγγενείς με την κύρια λατρεία του Ασκληπιού, στην Υγεία, στο Μαχάωνα, στον Τελεσφόρο, στον Ύπνο και στην Ηπιόνη. Ορατά εν μέρει είναι και τα κατάλοιπα του πολύπλοκου υδραυλικού συστήματος μεταφοράς του νερού από τις πηγές του Κυνορτίου μέσω καναλιών και λεκανών καθίζησης στο βορειοανατολικό τμήμα του ιερού, σε δύο κόμβους διανομής, τη δωρική κρήνη και την ιερή κρήνη. Στο βορειοανατολικό τμήμα του ιερού σώζονται κυρίως κατάλοιπα από τη φάση ανοικοδόμησης του 2ου αι. μ.Χ. Είναι ορατά λείψανα της βιβλιοθήκης, λουτρών, μικρών ναών, καθώς και του κτηρίου που είναι γνωστό ως στοά του Κότυος και ταυτίσθηκε πρόσφατα με το ιερό των Αιγυπτίων, που ήταν αφιερωμένο στον Ασκληπιό, στον Απόλλωνα και στην Υγεία ως Όσιρι, Όρο και Ίσιδα, αντίστοιχα. Τα υστερότερα ερείπια είναι τμήματα της περιμετρικής στοάς του 4ου αι. μ.Χ., στην οποία εντάχθηκαν τμήματα παλαιοτέρων κτηρίων, προπαντός του Καταγωγίου. Το ορεινό ιερό του Απόλλωνα Μαλεάτα είναι μικρότερο σε έκταση. Εδώ έχουν αναδειχθεί κατάλοιπα των διαδοχικών φάσεων χρήσης του χώρου από την πρωτοελλαδική περίοδο (αψιδωτά κτίσματα) έως τη ρωμαϊκή. Είναι ορατά τα τρία άνδηρα του μυκηναϊκού τεμένους με τον υπαίθριο βωμό τέφρας και το χώρο των τελετουργικών γευμάτων. Στο κατώτερο άνδηρο σώζεται τμήμα της πώρινης θεμελίωσης του ναού του Απόλλωνα, που κτίσθηκε το 380 π.Χ. πάνω από το βωμό τέφρας του 9ου αι. π.Χ. και το μικρό αρχαϊκό ναό του 7ου αι. π.Χ. Ανατολικά του τεμένους οικοδομήθηκε κατά την κλασική εποχή ένας βωμός του τύπου των μνημειωδών κτιστών τετραστύλων βωμών. Στα βόρεια το ιερό οριζόταν με αναλημματικό τοίχο, που κτίσθηκε κατά τη σημαντικότερη φάση οικοδομικής δραστηριότητας στο χώρο, τον 4ο και 3ο αι. π.Χ. Στη νότια πλευρά του τοίχου σχηματιζόταν στοά, η οποία είχε πρόσοψη προς το εσωτερικό του ιερού. Στην ίδια περίοδο χρονολογείται και ένα μικρό σπανιότατο υπαίθριο τέμενος των Μουσών, ενώ στο 2ο αι. μ.Χ. χρονολογούνται τα υπόλοιπα ορατά μνημεία του χώρου, το πρόπυλο στην είσοδο του ιερού, η ανοικοδόμηση της ελληνιστικής κατοικίας των ιερέων, της Σκανάς, η δεξαμενή του Αντωνίνου, της οποίας είναι διατηρημένο το μεγαλύτερο τμήμα της οροφής, καθώς και ένα Νυμφαίο.