צורת השערים נשמרה ללא שינוי עד לתקופה הנוצרית הקדומה (המאה ה-4 עד ה-7 לספירה), אז הכנף הדרומית הפכה לכנסייה, ובמאה ה-10 גם החלק המרכזי שימש ככנסייה המוקדשת למלאכי המלחמה. בתקופת השלטון הפרנקי (המאות ה-13 וה-14) היו השערים מעונו של השליט הפרנקי, ובאותה תקופה, לחיזוק ביצורי האקרופוליס, נבנה מגדל בצד הימני של המבנה, המוכר כקולאס, שאינו קיים כיום. בתקופת השלטון העות'מאני (1458-1830) שימשו השערים כמקום מושבו של המפקד הטורקי. המבנה המרכזי שימש כמחסן אבק שרפה, שימוש שגרם להרס גדול ראשון של האתר, שנפגע מפיצוץ בשנת 1640. לאחר שחרור היוונים מהטורקים נהרסו התוספות הביניימיות והטורקיות ונערכו חפירות באזור השערים. שיפוצים נערכו בין השנים 1909 ו-1917 על ידי מהנדס ניקולאוס באלאנוס. עבודות שיקום מודרניות החלו בשנת 1982, במסגרת תוכנית שיקום רחבה יותר המתבצעת באקרופוליס מאז 1975 על ידי שירות שיקום אתרי האקרופוליס בשיתוף עם המחלקה הארכאולוגית הקדם-היסטורית והקלאסית, בפיקוח ועדת שימור אתרי האקרופוליס.
הבניין נבנה בעיקר מאריחי שיש פנטליקון ומחולק לשלושה חלקים. החלק המרכזי המלבני הוא השער הראשי. במזרח ובמערב יש שתי פרוזדורים בעלי עמודים בסגנון דורי, שביניהם משולב קיר רוחבי עם חמש דלתות. המעבר לאקרופוליס נעשה דרך הדלת המרכזית, המוקפת מצד אחד על ידי שלושה עמודים בסגנון יוני שבין הפרוזדור המערבי לקיר הרוחבי, ומצד שני בצד השני גם שלושה עמודים יוניים. המבנה המרכזי עקב את שיפוע הקרקע, והפרוזדור המזרחי היה גבוה יותר מהמזרחי, כך גם הגג המשולש, בעוד שני המבנים הצדדיים היו נמוכים יותר. הבעיה של השיפוע טופלה גם בתוך המבנה, עם מדרגות שנמצאו בחזית ובקיר הרוחבי.
הכנף הצפונית של השערים מורכבת מחדר אחד, הידוע מתיאורו של המטייל פאוסניאס כפינאקוטקה (1.22.6), מכיוון שהחדר היה מקושט בציורי קיר, ביניהם יצירות של האמנים פוליגנוטוס ואגלאופונטוס. מולה יש פרוזדור דורי קטן עם שלושה עמודים, והכניסה אליו הייתה דרך דלת המוקפת בשני חלונות. על פי חוקרים מסוימים, החדר שימש כמקום מנוחה או לארוחות לאורחי האקרופוליס, ובתוכו ייתכן שהיו מיטות.
הכנף הדרומית של השערים תוכננה בתחילה בדומה לצפונית, אך קיומו של מקדש ניקה הקדום אילץ את האדריכל לוותר על התוכנית המקורית. לכן נבנה רק פרוזדור אחד, התואם לזה הצפוני, עם שלושה עמודים. מצד המערב הייתה גישה למקדש אתנה ניקה. התכנון המקורי כלל בניית חדרים צדדיים גם במזרח, אך הם מעולם לא נבנו.
